Un tema muy interesante, faisan azul. Hace tiempo que tengo también esa duda, así que voy a explayarme a base de bien. Temblad

El problema está en que hay muchos criterios de protección. Y básicamente 2: el planteamiento. Impel Down está diseñada para combatir un peligro interior (los presos), mientras que Enies Lobby está más diseñada para repeler invasiones exteriores. Enies Lobby es más parecido a una gran fortaleza militar, pero no hay que dejarse engañar por las apariencias. Yo juzgaría la protección de estos lugares por 4 criterios:
Acceso: las dos fortalezas están muy igualadas: Impel Down está en medio de la Calm Belt, habitada por Reyes de Mar que pueden tragarse un barco de un bocado. Además, se encuentra bajo el mar salvo una parte, que de todas formas está rodeada por un foso que sólo se puede cruzar por un puente levadizo. Enies Lobby está rodeado por una cascada sin fondo, cuyo precipicio está a su vez rodeado por una enorme verja de metal. Es decir, resulta casi imposible acercarse a estos lugares. Ambos tienen una debilidad en este aspecto, el Umi Ressha y la parte conectada a tierra en Enies Lobby y los barcos recubiertos de piedra marina para Impel Down. Con todo, creo que Impel Down sale ganando aquí, porque seguramente el truco de la piedra marina sólo lo conoce el Gobierno y porque el Calm Belt es claramente más infranqueable que un abismo.
Estructura interna: el vencedor está claro: Enies Lobby tiene varias puertas fortificadas muy sólidas, una ciudad llena de soldados y armas, fortalezas como el palacio judicial y la Torre de la Justicia, además de la protección del abismo rodeando esta última, pero la mayoría de sus edificios son de tipo civil, y no deja de tener un diseño más simple que Impel Down. Impel Down es un verdadero laberinto, lleno de pasillos, celdas, salas de guardia, de tortura,... Incluso un ejército, como señaló Sadie-chan, se perdería aquí. A lo que se añade que está lleno de trampas, que los guardias lo tienen monitorizado y que a diferencia de un posible atacante, lo conocen bien por dentro. Además, a diferencia de Enies Lobby, en Impel Down es peligroso el mero hecho de estar allí, pues puedes congelarte, abrasarte, deshidratarte, ser devorado por fieras, etc. Y aunque hay niveles a los que es fácil entrar, hay otros cuyos accesos son pocos y fáciles de controlar, y en ninguno es fácil salir.
Personal: la cosa no está tan reñida como parece. Enies Lobby cuenta con una dotación de 10.000 hombres. Aunque nunca se ha mencionado el número de la de Impel Down, es obviamente menor. Pero no hay que subestimarla: a mi juicio, los guardianes de Impel Down superan en todo a los de Enies Lobby: el terreno juega completamente a su favor, porque son los únicos que lo conocen a la perfección, y tienen equipos para resguardarse de los peligros de cada nivel (como los trajes ignífugos en el nivel 4 o los abrigos en el 5). Tienen monitorizada toda la prisión y controlan lo que ocurre en ella, y parecen tener una excelente comunicación entre ellos. Además, aunque buena parte de los carceleros sean humanos normales con un nivel similar al de un marine, no olvidemos al resto del personal: los Bulgori, tremendamente rápidos y tan fuertes que pueden destrozar fácilmente Reyes de Mar; y las bestias como el basilisco (tan poderoso que Luffy necesita el Gear 3 para vencerlo) los escorpiones puzzle, las mantícoras o los peligrosísimos lobos del nivel 5. A nivel de armamento (aparte del normal) la gente de Enies Lobby cuenta con una ventaja: armas pesadas, como los morteros. Aunque Impel Down no parece tener armas así, cuenta con un arsenal variado, como los lanzarredes de piedra marina. Seguramente sus armas se orientan más a la captura que al combate.
Personal de élite: aquí la cosa sí que está reñida. Cuando lo conocemos, Enies Lobby está protegido por los Houbantai, 2 gigantes, los Jurados y Baskeville (cuya fuerza tampoco es despreciable). Sin embargo, en último extremo cuenta también con el CP9. Puede que su misión sea otra, pero sería muy raro que teniéndoles a mano el Gobierno no recurriera a ellos en un caso extremo. De hecho, creo que el propio Jabra comentó que no había por qué alarmarse por el ataque a Enies Lobby mientras ellos estuvieran allí. De no ser por ellos Impel Down tendría ventaja clara: nada más que viendo el combate contra Minotauros estoy seguro de que las 4 bestias Bestias son muy superiores al Houbantai, los Jurados y Baskerville juntos. Además de ellas, en Impel Down hay unos cuantos tipos realmente poderosos: Magellan, Hannyabal, Sadie-chan, Sphinx, y se podría incluir también a Shiryu, e igual Saldeath resulta ser más peligroso de lo que aparenta. Tipos que a las ventajas de los guardianes comunes suman las de sus enormes poderes y habilidades, y a algunos de los cuales veo como un peligro mucho mayor que los gigantes de Enies Lobby. De hecho, estoy convencido de que sólo los CP9 más duros podrían plantar cara a alguien como Magellan. Aún así, con el CP9 veo la cosa igualada. Pero en mi opinión sale ganando Impel Down por el simple hecho de que como ha dicho Gia Secando el CP9 se mueve mucho, realiza misiones por varios años, así que puede estar o no al haber un problema, mientras que la gente de Impel Down está allí permanentemente.
Resumiendo este tochazo, aunque Enies Lobby puede impresionar mucho a la vista con su ciudad, su catarata, sus 10.000 hombres y su tamaño, Impel Down es la que sale ganadora a nivel de protección en todo.